QY球友会体育临床医学系成立于2015年，是学院重点建设的系部之一。2018年学院成立6个二级学院后，临床医学系归属于临床护理学院管理。临床医学系内部管理科学，始终坚持遵循医学教育规律，重视人才培养质量，特别注重学生职业道德和临床实践能力的培养，历届毕业生均受到用人单位的普遍好评。现有校内专、兼职专业课教师54人，其中教授2人，副教授12人，讲师10人，助理讲师22人，实验员7人；博士1人，硕士15人，“双师型”教师占68%，已形成以学科带头人为核心、结构基本合理、实力雄厚的教科研团队。
临床医学系开设了临床医学、助产、康复治疗技术、生殖健康管理4个专业，设有临床一、临床二、助产3个教研室。助产专业为省级骨干建设专业，临床医学教学团队为省级职业教育教师教学创新团队；也是全国学校急救教育试点项目的实施单位。主要承担了临床医学、护理、助产、康复治疗技术专业的全部专业核心课程、全校其他各专业《临床医学概论》《常用急救知识与技术》等课程的校内教学，及承担学校全国助理执业医师资格、护士执业资格考试的考前辅导。
临床医学系实训中心的建设整体布局和设置完全模拟医院场景，建筑面积近2万平方米，下设院前急救、院内急救、ICU、内科、外科、妇科、产科、儿科、麻醉手术室、康复各科及护理等临床基本技能和高级仿真模拟训练平台，并设有全套监控设备的标准化考试（OSCE）考站18间。实训中心配置仪器设备先进，设备价值总计约6000余万元，教师可根据教学需要灵活地采用全体教学、分组教学和个别辅导等多种教学方式，已初步形成了“2133”为模式的实践教学体系，为训练我校学生专业技能、培养其临床思维和综合素质提供了良好的实训教学环境，不仅满足我校数千名学生学习需要，同时发挥社会服务功能，承接乡村医生培训、“1+x”职业技能等级培训等。并有甘肃省第三人民医院、兰州新区第一人民医院、甘肃省康复中心、甘肃省残疾人辅助器具资源中心4家固定的教学基地，保障学生的临床实践学习、临床专业课教师的实践能力提升。
临床医学系教师专业素质强，近年来，临床医学系教师获得省级职业教育教学成果奖一、二等奖各1项；省级职业教育教学能力竞赛一、二、三等奖20余人次；在国家级刊物上发表论文30余篇，承担市（厅）级以上课题10项，获得发明实用新型专利6项；主编参编高职卫生教材及“十四五”国家规划教材多部；多名教师先后获得甘肃省“杰出”青年岗位技术能手、甘肃省技术标兵、“园丁奖”优秀教师等荣誉称号。2023年参加全国职业院校技能大赛首届临床技能赛项获得教师组一等奖（第一名）、学生组三等奖，首届康复技能赛项三等奖。